酸奶口感好，并含有益生菌，但吃药时喝酸奶就要注意了，因为有些药物会与酸奶中的钙、乳酸菌起反应，轻者降低药效，重者可能生成胆结石、肾结石。服下列药和饮酸奶就应间隔2小时以上。 抗生素：酸奶中的活性乳酸菌在体内会被抗生素杀灭，所以服罗红霉素、四环素、氯霉素等对乳酸菌敏感的抗生素，一定要跟喝酸奶的时间错开。一来乳酸菌对这些药物敏感，二来抗生素与酸奶中的钙离子在肠道形成络合物，大大减少药物的吸收，降低疗效。
虽然与酸奶同时服用会影响药效，但服抗生素后2小时再喝酸奶，却可以调节服药后引起的食欲不振、恶心呕吐、头晕等症状。 含铁药物：硫酸亚铁、富马酸亚铁(富血铁)、琥珀酸亚铁、枸橼酸铁铵、缓释铁等含铁制剂，是妇女、儿童缺铁性贫血的常用药，酸奶中的钙离子可与铁剂在十二指肠发生竞争，使铁剂吸收减少，降低疗效。
强心药：心衰病人使用洋地黄、地高辛等强心药治疗时，如果同时又喝大量酸奶，可能出现黄视等中毒症状，甚至发生意外，因为酸奶中所含的钙能增加这些强心苷的毒性。 降血糖药：二甲双胍发挥降糖作用时会增加体内的乳酸，而酸奶中含大量乳酸菌，进入人体也会使乳酸的量增加。如果长时间、较大剂量服用二甲双胍，喝酸奶可导致体内乳酸堆积，可能引起乳酸中毒。为避免体内乳酸堆积，服用二甲双胍期间可用其他乳制品代替酸奶。
降压药：严重的高血压患者在使用优降宁等降压药时，如果再同时喝酸奶或者吃其他奶制品，都可能引起血压骤然升高，严重者会使血压持续升高，甚至发生高血压危象。